Una forza navale permanente non nacque fino alla metà del XVII secolo quando la flotta reale venne posta sotto il controllo del Parlamento inglese in seguito della sconfitta di Carlo I durante la guerra civile inglese. Questa seconda riforma della marina venne portata a termine dal General-at-Sea (equivalente al grado di ammiraglio) Robert Blake durante il periodo repubblicano di Oliver Cromwell. La costituzione della Royal Navy creò una situazione di contrasto con le forze militari di terra che erano state create attraverso molteplici discussioni che vedevano contrapposte le forze parlamentari aderenti alla causa realista e a quella anti-realista.

Fregata HMS Lively, armata con 38 cannoni da 18 libbre

La battaglia di Trafalgar consolidò ulteriormente il vantaggio britannico nei confronti delle altre potenze marittime europee. Concentrando proprie risorse militari nella marina, la Gran Bretagna aveva la possibilità di difendersi, di proiettare la propria influenza attraverso gli oceani ed, inoltre, di bloccare le rotte di traffico marittime di eventuali rivali. Per questo la Gran Bretagna ebbe la possibilità di mantenere un esercito professionale relativamente piccolo e molto mobile che poteva essere trasportato dove necessario attraverso i mari e poteva essere supportato dalla marina per le operazioni di bombardamento, movimento, rifornimento e rafforzamento. Nel contempo i nemici rischiavano di trovare le loro linee di rifornimento marittime bloccate, come successe all'armata napoleonica in Egitto. Le altre potenze europee si videro costrette a suddividere le proprie risorse tra il mantenimento di grandi forze navali e notevoli forze terrestri e fortificazioni intese a difendere le proprie frontiere. In ultimo il dominio dei mari permise alla Gran Bretagna di costruire rapidamente il proprio impero, specialmente nel periodo compreso tra la Guerra dei sette anni (1756-1763) e tutto il XIX secolo, permettendo enormi vantaggi militari, politici e commerciali alla nazione inglese.

É interessante notare che diversamente dalla marina francese pre-rivoluzionaria i posti di comando più importanti della Royal Navy furono aperti a tutti coloro che avessero mostrato sufficiente talento e determinazione. Questo aumentò grandemente il numero di di persone di capacità disponibili per questi ruoli, pur con un pregiudizio per le classi superiori. Inoltre le purghe anti-aristocratiche della Francia rivoluzionaria causarono la perdita della maggior parte dei comandanti di marina francesi, aumentando ulteriormente il vantaggio della Royal Navy.

A dispetto dei successi militari della Royal Navy in questo periodo le condizioni di servizio per i marinai comuni, incluso il fatto che gli stipendi non avevano conosciuto aumenti in un secolo e venivano saldati in ritardo, il mantenimento in servizio per anni di un gran numero di navi che talvolta non prendevano neppure il mare sullo sfondo di un servizio dalla disciplina ferrea sfociarono negli ammutinamenti di Spithead e Nore del 1797 quando gli equipaggi delle flottiglie di stanza a Spithead e Nore rifiutarono di obbedire agli ordini dei propri ufficiali e alcuni comandanti furono lasciati a terra. Le conseguenze di questa breve "Repubblica galleggiante" fu a Spithead la promessa di un miglioramento delle condizioni mentre a Nore si risolse con l'impiccagione di 29 ammutinati.

Napoleone agì per contrastare la supremazia marittima e la potenza economica britannica più direttamente chiudendo i porti europei al commercio inglese. Inoltre organizzò numerosi corsari che operavano dai territori francesi delle Indie Orientali mettendo sotto pressione il naviglio mercantile britannico nell'emisfero occidentale. La Royal Navy venne anche impegnata duramente nelle acque europee in modo da impedirle di impegnare forze contro i corsari. I suoi grandi vascelli non erano in ogni caso adatte allo scopo di cacciare le agili navi dei corsari, che operavano individualmente o in piccole flotte disperse. La Royal Navy reagì commissionando piccole navi da guerra tipo bermuda. Le prime tre ordinate dai costruttori, la Dasher, Driver e Hunter erano ognuna corvette da 200 t armate con dodici carronate da 24 libbre. Molte navi di questo tipo vennero ordinate o recuperate dal commercio, utilizzandole principalmente come anti vedetta. La più famosa fu la Pickle, un ex mercantile delle Bermuda che portò la notizia della vittoria di Trafalgar.

In quest'epoca le altre minacce alla supremazia marittima britannica furono gli Stati Uniti d'America. Il legno americano era stata una giustificazione economica primaria per la colonizzazione britannica nell'America del Nord. L'abbondanza di legname fu uno dei fattori che permise l'ascesa del potere economico britannico e nel 1776 i vascelli americani costituivano una parte significativa della flotta mercantile britannica. Successivamente alla rivoluzione americana questi entrarono in competizione con la flotta britannica sfruttando la neutralità statunitense nella guerra franco-britannica. Le navi militari e mercantili statunitensi inoltre assumevano i marinai della Royal Navy che erano ansiosi di sfuggire alle dure condizioni del loro servizio. La mancanza cronica di marinai addestrati spinse la Royal Navy ad insistere sul diritto di fermare i vascelli statunitensi per cercare disertori britannici.

Il Regno Unito iniziò a contrastare la perdita del legname americano sviluppando le industrie navali e boschive canadesi. Gli americani infuriati dalle ispezioni britanniche a bordo dei propri vascelli, desiderosi di rimuovere le restrizioni britanniche sul commercio e ansiosi di annettersi il Canada (chiudendo pertanto l'accesso britannico al legname) dichiararono guerra al Regno Unito nel 1812.

Per quest'epoca la Royal Navy aveva iniziato la costruzione di una base navale e di un cantiere nelle Bermuda, che era diventata la base invernale dell'Ammiragliato (precedentemente situata in Terranova. La Royal Navy aveva iniziato lo sviluppo di impianti nelle Bermuda dopo che la rivoluzione americana l'aveva privata della maggior parte delle sue basi nell'America del Nord. Con il tempo le Bermuda divennero il quartier generale per le operazioni della Royal Navy nelle acque del Nord America e delle Indie Occidentali. Durante la guerra del 1812 il blocco navale imposto dalla Royal Navy ai porti atlantici americani venne organizzato dalle Bermuda. Il blocco mantenne intrappolate nei porti la maggior parte della marina americana. La Royal Navy occupò anche delle isole costiere incoraggiando gli schiavi americani a ribellarsi a loro favore, unità dei Royal Marines vennero formate con questi schiavi liberati. Dopo la vittoria britannica nella guerra peninsulare parte della divisione leggera del Duca di Wellington venne liberata per essere usata nel nord America. Una forza principale di 2.500 uomini al comando del major general Robert Ross e composta dal 4°. 21°, 44° e 85° reggimento, con elementi del genio e dell'artiglieria venne inviata nelle Bermuda nel 1815 a bordo di una task force della Royal Navy composta dalla Royal Oak, tre fregate, tre corvette e dieci altre vascelli. Mediante l'uso di questa forza combinata vennero lanciati raid contro le coste del Maryland e della Virginia, con lo scopo di attrarre le forze statunitensi lontane dai confini canadesi. Comunque in seguito alle atrocità americane del Lago Erie sir George Prevost richiese una spedizione punitiva che avrebbe dovuto "trattenere il nemico dal ripetere simili oltraggi". Le forze britanniche arrivarono al fiume Patuxent il 17 agosto sbarcando i soldati entro 70 km da Washington DC. Guidati dal rear admiral George Cockburn la forza riuscì a scacciare il governo USA fuori dalla capitale. Nonostante Ross si ritraesse all'idea di incendiare la città, Cockburn diede ordine di incendiarla. La residenza presidenziale venne così carbonizzata che fu necessario imbiancarla, dando così origine al nome di Casa Bianca.

In mare la Royal Navy soffrì delle umilianti sconfitte per mano della relativamente giovane marina degli stati uniti. Tra i vascelli catturati della Royal Navy ci furono tra l'altro la Macedonian, Penguin, Guerriere, Boxer; la Java e la Peacock vennero distrutte; la fregata HMS Belvidera (36) ingaggiò in combattimento la USS Consitution (44) con esito incerto, visti i resoconti delle due parti; la HMS Shannon (38) sconfisse la USS Chesapeake (38) in un combattimento accanito che costò tra l'altro la vita al capitano della Chesapeake, James Lawrence, già comandante della USS Hornet vittoriosa contro la HMS Peacock. Le fregate statunitensi erano strutturalmente superiori e meglio gestite da equipaggi di volontari. In conseguenza di ciò a metà della guerra l'ammiragliato britannico venne forzato ad ordinare di non ingaggiare scontri uno a uno contro le fregate statunitensi. Inoltre la Royal Navy non riuscì a proteggere adeguatamente i mercantili britannici dai corsari americani, e 866 navi e vascelli mercantili andarono persi.

Dal 1793 al 1815 la Royal Navy perse 344 vascelli per cause non legate al combattimento: 75 colate a picco, 254 naufragate e 15 per incendi o esplosioni accidentali. Perse inoltre 103.660 marinai: 84.440 per malattie e incidenti, 12.680 in naufragi o affondamenti, 6.540 a causa di azioni nemiche.