La prima riforma e la maggior espansione della Navy Royal, come era a quel tempo chiamata, si ebbe nel XVI secolo nel corso del regno di Enrico VIII le cui navi Henri Grâce a Dieu e Mary Rose impegnarono la marina francese nella battaglia del Solent nel 1545. Al momento della morte di Enrico avvenuta nel 1547, la sua flotta s'era accresciuta fino a 58 vascelli.

Nel 1588 l'Impero spagnolo, a quel tempo la più grande superpotenza d'Europa, minacciò di invadere l'Inghilterra e l'Invincible Armada spagnola fece vela per rafforzare il dominio della Spagna sul canale della Manica e trasportare truppe dai Paesi Bassi spagnoli in Inghilterra. Tuttavia l'Armada fallì, per una combinazione di vittoriosi ripetuti attacchi condotti dalla Royal Navy inglese, tempo pessimo e una rivolta dei territori olandesi di fronte alla manica, sudditi dell'Impero spagnolo.